Hace veinte años, un gas venenoso brotó de un pantano cercano y mató a miles de personas en la aldea de Hinamizawa. En los años transcurridos desde el "Gran Desastre de Hinamizawa", la gente ha evitado el pueblo y prefiere olvidar que alguna vez existió. Sin embargo, en una noche en particular, cinco extraños encuentran su camino hacia este pueblo abandonado escondido en las montañas. En Yoigoshi-hen, un resultado alternativo de Tsumihoroboshi-hen, Mion Sonozaki, una antigua residente de la aldea, llega al ahora abandonado Santuario Furude de Hinamizawa, buscando refugio de la lluvia. En el camino, conoce a Akira Otobe, cuyos amigos han desaparecido. Al entrar en el santuario, se encuentran con otros que ya están allí, también refugiándose. Pero cuando se produce un asesinato entre ellos, aumentan las sospechas, y algunos comienzan a sospechar de la propia Mion: después de todo, Mion murió en el Gran Desastre de Hinamizawa hace 20 años.